机构名。漕运总督之办事机构。顺治二年（１６４５） 设于淮安。清代漕督衙门亦循各省督抚衙门之例， 署内不置属官而专用书吏。据光绪《大清会典事例》卷一四九所载， 漕运总督衙门置书吏二十人，办理署内一应文牍诸事。