拜上帝會是太平天國運動的一面旗幟，一項戰鬥武器，並不是邪教。要判斷它是不是邪教，不能只看它的外部特徵，還要看它當時所發生的歷史作用。當時社會上階級關係十分緊張，下層人民不能照舊生活下去，迫切需要一種思想武器和組織工具來動員和凝聚分散的人民群眾，參加鬥爭，促進農民起義的順利發展。拜上帝會就是起了這樣的歷史作用，它動員、宣傳、組織、指揮了太平天國起義。乍一看來，似乎遠離世俗的宗教製造了一場農民戰爭，因此有的人說“政治邪教引起了太平天國戰爭”。事實遠非這樣簡單，應該是現實的利益衝突，是官府和地主的剝削、壓迫和農民的反抗，賦予了迷信、荒唐、內容空虛的宗教以生命，使這種宗教成為呼喚農民起義造反的工具。不是宗教製造了農民戰爭，而是農民戰爭的到來利用宗教加速和促成了起義。因此判斷宗教的性質必須根據當時農民戰爭的性質。凡是承認太平天國是一場正義的反壓迫的農民戰爭的，就不能把拜上帝會視為邪教。 

中國歷史上農民反對地主的鬥爭，往往利用宗教的手段。從陳勝、吳廣的“篝火狐鳴”到黃巾起義的“蒼天已死，黃天當立”，從元末農民起義的“石人一隻眼，挑動黃河天下反”到清代白蓮教的“真空家鄉，無生老母”，宗教在農民起義中發揮了巨大的作用。 

為什麼歷代農民戰爭大多利用宗教的形式?因為農民處在封建社會的最低層，擔負著供養全社會的重擔，但政治和經濟地位低下，沒有文化知識。當社會矛盾十分尖銳，革命的形勢已經成熟，平時存在於民間的一些政治色彩並不濃厚的宗教，也會隨著革命形勢而蛻變，變成一種反抗現政權的組織。洪秀全初創拜上帝會也還只是從基督教中吸取了平等的教義，勸人尊拜上帝，行善戒惡，待人平等。由於當地階級鬥爭的推動，拜上帝會迅速地革命化，成為反封建的銳利武器。當革命高潮即將到來的時候，為進一步動員農民參加鬥爭，必須用農民所能理解的語言和邏輯，來闡明這場鬥爭的必要性和合理性，闡明這場鬥爭的目的，闡明它必定會走向勝利。可是比較落後的農民，缺乏理性思辨的能力，只能用宗教的玄想加以說明，農民一家一戶，生活散漫，缺乏凝聚力，只能用宗教紀律加以組織約束。鬥爭已到了山雨欲來風滿樓的時刻，由於還沒有人能科學地說明這場鬥爭的合理性，也沒有人能有效地把農民組織起來，因此，宗教就來填補了空白。在當時的歷史條件下，除了宗教以外，農民們沒有更好的思想武器和組織手段。宗教告訴農民：賜給他們陽光雨露的天父天兄憐憫眾生的苦難，要拯救眾生，而為非作惡的閻羅妖，暴虐殘酷，塗炭生靈。雙方壁壘分明，一方是天父天兄恩養庇護的百姓，另一方是有閻羅妖支持的官府和地主，兩個營壘的界限一清二楚，是非愛憎格外鮮明。這種在宗教外衣下包裹的反封建戰鬥精神，一旦被農民所接受，農民將自覺自願、勇氣百倍、信心十足地投入戰鬥。這樣，農民戰爭中的宗教將發揮震撼封建統治的巨大力量。恩格斯曾說過，“群眾的感情唯一是由宗教的食糧來滋養的，所以為了引起暴風雨般的運動必須使這些群眾自身的利益穿上宗教的外衣”[1]，就是這個道理。 

封建時期的農民宗教表面上看似乎是幼稚的，荒誕不經的，但要善於揭開它的面紗，以觀察它的實質。洪秀全的宗教作品中說“天下多男人，儘是兄弟之輩；天下多女子，儘是姐妹之群”，“天下一家，共用太平”，這反映了農民的理想。《天朝田畝制度》中說：“有田同耕，有飯同食，有衣同穿，有錢同使，無處不均勻，無人不飽暖。”這真實地顯示出被壓迫者平均主義的願望。當然，農民不是先進階級，不可能實現自己的理想和願望，最後必定以失敗告終。但後人絕不應該指責這些是空洞的夢囈和荒謬的思想。 

農民運動是一場暴風驟雨，它掃蕩一切，破壞一切(其實官兵殺人放火，更是無惡不作)，當一頭發怒的大象，它狂奔向前，必定會踐踏路邊的花花草草，打碎周圍的罎罎罐罐。農民運動破壞了許多舊事物、舊關係、舊傳統，但不能把它視作社會的倒退。舊的不除，新的不生，太平天國以後的中國社會出現了許多新事物。三十年後的中國，出現了維新派和革命派，至20世紀之初，腐朽沒落的清王朝在人民的努力下終於土崩瓦解，在中國土地上矗立起共和體制的中華民國，這就是歷史的進步。